门外汉信口开河谈蛋白质,晶体结构,中子衍射,和核自旋弛移

hama_hutu

搞科学技术的人要兴趣广泛, 这样才能有开阔的思路和眼界.

俺经常发现在俺和别人谈论自己不在行的题目时,也是俺开动脑筋琢磨新想法的最
活跃的时刻. 当然了, 有时候想的高兴,想入非非, 把聊天的对手都忽略了. 

俺估计,蛋白质晶体结构的第一关是要把蛋白结晶出来, 可惜, 一个关键的问题是, 
不是什么蛋白都可以结晶出来, 这就给科学家首先来了一个下马威, 选择题目时
内行人都是怎么想的? 选好感兴趣的蛋白质,不管不顾的纯化, 然后在破滏沉舟的
去努力结晶? 有内行吗? 来开导一哈.

即使晶体在手, 把它放到X衍射仪上, 开关一按,得到了一大把衍射强度的记录, 
结果由于缺乏重元素, 衍射数据简直是一锅胡? 现今仪器和数字处理的方法又有
什么新的突破来克服这些老大难问题呢? 没有一个清晰的衍射格式? 空间群的选
择经常遇到困难, 选错了空间群就不能建立逼近的模型. 在这个阶段情况是很棘
手的(俺估计). 专家,你在哪里?

看来这抛砖引玉,不起作用.俺再来一小段以结束俺的胡抡尽管, 有的时候摇摇晃
晃的逼近了一个模型.得到了一个晶体结构, 但是由于原子定位的精确度有疑. 
还得从新想办法在结晶一次, 这一次把一个比较重的元素取代进分子或是作为一
个配位原子. 这样一来, 结晶基本算是返工, 出的来出不来还是回事儿呢. 重元
素的作用是提高衍射强度从而增加分辨度,这是它由于电子多的缘故. 

即使结构解的很到位,除了氢外其它的原子的定位都以十拿九稳. 氢的定位还是
没有解决, 由于氢的电子密度极低, 一般方法得到的衍射数据是不足以给每个氢
原子定位的. 大多数情况其实也必要不大. 偏偏氢键又是在蛋白质里如此重要的
环节. 最简单的办法是靠估算把氢原子指定, 然后在继续逼近. 这个过程既繁琐
又不可靠. 为了真正搞清楚, 有时不得不回头从新在分子水平上改造蛋白质. 特
别是改造最关键的和最关心的部位(MOIETY). 从这里开始就涉及到中子衍射了...

如果什么晶体都拿不到, 又死气白裂的要研究蛋白质结构, 下一步估计就得用液
相核磁共振了. 大分子的核磁共振又有许多需要注意的事项.这个俺仍是个门外
汉, 但是俺估计, 自旋弛移(SPIN RELEXATION)应该是一个至关重要的现象. 对
这个现象缺乏充分的了解,将会使新手遇到很多麻烦和碰许多钉子.有专家吗? 
可以接着俺的凭空胡抡矫枉过正:) 


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